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目的基因和載體重組并進入宿主細胞后，由于操作失誤及不可預測因素的干擾等，并不能全部按照預先設計的方式重組和表達，真正獲得目的基因并能有效表達的克隆子只是其中的一小部分，絕大部分仍是原來的受體細胞，或者是不含目的基因的克隆子。為了從處理后的大量受體細胞中分離出真正的克隆子，目前已建立起一系列的篩選和鑒定方法。
重組體篩選的方法很多，歸納起來可分為兩種：在核酸水平或蛋白質水平上篩選。從核酸水平篩選克隆子可以通過核酸雜交的方法。這類方法根據DNA-DNA、DNA-RNA堿基配對的原理，以使用基因探針技術為核心，發展了原位雜交、Southen雜交、Northen 雜交等方法。從蛋白質水平上篩選克隆子的方法主要有：檢測抗生素抗性及營養缺陷型、觀測噬菌斑的形成、檢測目標酶的活性、目標蛋白的免疫特性和生物活性等。
無論采用哪一種篩選方法，最終目的都是要證實基因是否按照人們所要求的順序和方式正常存在于宿主細胞中。
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